Ja, oben in meiner kleinen Abhandlung, wo es dann in einem zentrierten Absatz ausläuft, da macht das Linksstellen mit HTML überhaupt nichts. Den P-Tag setzt der Markdown interpreter nicht um, weil er an der Stelle irgendwie ausgeblasen wirkt. Da geht gar nichts mehr. Auch kein HTML. Von den HTML–Tags werden auch grundsätzlich keine Attribute übernommen.
Das einzige HTML Tag–Attribut, das tatsächlich interpretiert wird, ist die Übergabe der Klasse im DIV–Tag (class=pull-left und class=pull-right).

Dein align–Attribut nimmt der Interpreter gar nicht zur Kenntnis.